Parte terza
Greed Island
Dopo che Leorio e Kurapika si sono allontanati di nuovo, la storia ritorna a focalizzarsi su Gon e Killua. La quarta saga riguarda le loro avventure a Greed Island, il videogioco apparentemente magico che “risucchia” i corpi dei giocatori al suo interno. Successivamente verrà rivelato che il gioco è ambientato su un'isola nel mondo reale e che è stato creato da potentissimi utilizzatori di Nen, tra cui il padre di Gon, Jin. Greed Island è un acrostico formato dalle lettere iniziali del nome di ogni creatore del gioco. Esso è basato su un complesso gioco di carte, con l'obiettivo di raccoglierne cento. All’interno del gioco, a Gon e Killua si unisce Biscuit Krueger, Biskuì per gli amici. È una donna di 57 anni con l’aspetto di una ragazzina di 12, ed è un’insegnate ed un'esperta utilizzatrice del Nen. Sarà lei a continuare l’addestramento nel Nen che Gon e Killua hanno iniziato mentre si trovavano nell’Arena Celeste.

Mentre la storia continua, un giocatore che si fa chiamare Boomer cercherà letteralmente di far saltare in aria gli altri giocatori. In realtà non si tratterà di una sola persona, bensì di tre. Essi, ponendo una mano su una persona e pronunciando la parola Boomer, possono mettere una bomba sulla persona toccata. Per attivare la bomba, i tre devono rivelare che essi sono il Boomer e la bomba inizierà il relativo conto alla rovescia. La velocità del conto alla rovescia è condizionata dal battito cardiaco di una persona. La squadra di Gon, Killua e Biscuit, assieme ad altri giocatori, deciderà di fermare il gruppo Boomer.

Anche la Brigata Fantasma si troverà all’interno di Greed Island, cercando uno specialista di Jonen, una tecnica di rimozione del Nen imposto da altri, per liberare Quoll dalla Catena del Giudizio di Kurapika.

Gon, Killua e Biscuit saranno i primi a completare il gioco di Greed Island e, dopo l’arrivederci di Biscuit, i due amici si rimetteranno sulle tracce di Jin. Come parte della loro ricompensa, verrà loro permesso di scegliere tre carte che poi potranno usare nel mondo reale. I due useranno la carta Accompagnamento per dirigersi da Nij, che credono essere Jin. Nij sarà effettivamente il padre di Gon ma, poiché egli desiderava che Gon venisse da solo, se avesse usato la carta “Forza Magnetica” allora lo avrebbe incontrato, ma se avesse deciso di venire con un amico utilizzando la carta “Accompagnamento”, allora si sarebbe trovato davanti Kaito.

Inoltre, mentre Gon e Killua sono chiusi dentro Greed Island, il fratello minore di Killua, Karuto, entrerà a far parte della Brigata Fantasma, sostituendo Hisoka come membro numero 4.


La Formichimera
Dopo essere usciti da Greed Island, Gon e Killua incontrano Kaito, l’Hunter che aveva parlato a Gon di suo padre e che egli aveva incontrato nel primo capitolo del manga (o nel primo episodio dell'anime). Tutti e tre vengono assunti per investigare su una strana zampa di insetto che è stata ritrovata su una spiaggia. I test del DNA rivelano che la zampa appartiene ad un anormale grande regina di Formichimere, un insetto che divora gli altri insetti e animali, e dà alla luce bambini che possiedono le caratteristiche di tutti gli insetti e animali di cui si è nutrita. La stessa regina delle Formichimere è stata trasportata dal mare su un’isola chiamata NGL (Neo Green Life) - abitata da una comunità luddita - e rapidamente sta sviluppando una predilezione per gli uomini, dopo aver avuto l’opportunità di mangiarne qualcuno. Le Formichimere iniziano a soppiantare la popolazione dell’isola e a generare una progenie prima dell’arrivo di Gon, Killua, e Kaito. A questo punto vengono presentate le tre potentissime Guardie Reali: Neferpito, Shawapf e Montowtoyupi, che sviluppano abilità Nen. Una di queste, Neferpito, combatte contro Kaito e lo uccide. Il cadavere di Kaito poi viene trasformato da Neferpito in una marionetta usata per allenare le altre Formichimere. La sua zombificazione lo rende incapace di riconoscere Gon e Killua Zaoldyeck.

Nel frattempo, il presidente dell'Associazione Hunter Netero, con Morau e Nobu, arriva a supporto. Essi cercano invano di impedire la nascita del Re delle Formichimere, Meluem. La regina morirà perché il Re la squarcierà uscendo dal suo ventre. Molte delle Formichimere create smetteranno di seguire il Re, proclamandosi esse stesse Re, e due di esse passeranno dalla parte degli Hunter.

Intanto uno dei figli della regina, Zazan, fonda una colonia vicino al Ryuuseigai, il luogo d’origine della Brigata Fantasma. Una parte del gruppo composta da Phinks, Feitan, Shalnark, Shizuku, Bonolenov e Karuto si recano al Ryuuseigai per fermare l’invasione. Raggiunta la colonia, la squadra si divide, decidendo che chi sconfiggerà Zazan sarà il capo provvisorio della Brigata Fantasma fino al ritorno di Quoll.

Intanto le formichimere fanno un “colpo di stato” nella vicina Repubblica del Golt Orientale e iniziano un processo di “selezione” degli uomini che possiedono la capacità di governare il Nen.

Nel frattempo, Gon, Killua, Morau, Nackul, Schult, Nobu, e Netero stanno per lanciare l’attacco alle tre Guardie Reali e al Re all’interno del palazzo Reale. Tuttavia tra loro esiste la sensazione che qualcosa manderà in fumo il piano.

Gon e Killua si infiltrano nel Golt Orientale, ma si dividono e mentre il giovane assassino, dopo aver creato scompiglio tra le marionette di Neferpito, deve difendersi dalle truppe di Leol, un comandante di divisione, Gon deve scoprire chi è colui che lo sta seguendo di nascosto. Nckul e Shult invece partono, sempre nel Golt, alla ricerca della formichimera Jeedo, sfuggita agli hunter mediati, ma questa riesce a fuggire appena in tempo.

Gli Hunter ricevono rinforzi da Netero, quando lui e Zeno Zaoldyeck appaiono cavalcando un drago di Nen, che poi si scinde in centinaia di frammenti che procurano la necessaria distrazione per l’inizio dell’assalto. Neferpito viene temporaneamente messa fuori gioco dopo uno scontro con Netero. Tuttavia, il piano originale viene compromesso dopo che Montowtoyupi ha distrutto le scale che conducono alla sala del Re. Inoltre, in un’altra zona del palazzo Komugi viene ferita in modo serio. Successivamente il Re chiede a Neferpito, che era arrivata per dargli manforte contro i due assassini, di guarire Komugi mentre lui combatterà contro Netero e Zeno da un’altra parte. Entrambi gli assassini accettano le rispettive richieste di Meluem. Viene così mostrata per la prima volta l’umanità nella figura del Re. Nell’altro combattimento, contro Montowtoyupi, la combinazione degli Hunter Morau - Nackul (maestro - allievo) riesce ad infliggere molti danni alla Guardia reale.